Две базы последних релизов, организация на ОСН, ставка в УНФ везде 20%, после стандартной синхронизации в БП все документы выгружены со ставкой 0%. В чем может быть проблема?

как вариант документы прошли как экспорт
проверяйте контрагентов и заполнение документов в УНФ