Настраиваю как пользователь. При выгрузке остатков товаров на сайт серии с истекшими и истекающими сроками годности из общего остатка не вычитаются? Или есть где-то настройка, которую я не вижу?

(0)

>> Настраиваю как пользователь

1) А почему они должны вычитаться ?
2) Выгрузка информации о номенклатуре -> Настроить -> Общие настройки ->Настроить отбор
Вот там всё что можно настроить.

Но есть  хорошая новость, выгрузка Битрикса "не так уж плохо написана", исходники не закрыты
и дальше нужно/можно уже настраивать как 1С-программист.

(1) 1. "А почему они должны вычитаться ?" - по смыслу задачи: зачем выгружать на сайт то, что просрочено?

(1) 2. "Настроить отбор" - серий в настройке отбора нет
3. "нужно/можно уже настраивать как 1С-программист." - это понятно