Добрый день!
Создали новый объект (справочник), система не видит этот объект в настройке бесшовной интеграции. Можно ли добавить свой объект в настройку бесшовной интеграции?

Можно конечно
Но придется полюбиться

(0) Читайте документацию БИД

(0) Справочник - это чаще всего НСИ. Точно надо в бесшовную, может доработать в стандартный через план обмена?

(0) Добавить в ИнтеграцияС1СДокументооборотВсеСсылкиПереопределяемый
ИнтеграцияС1СДокументооборотДокументыОбъектыПереопределяемый
но ответ в (2)

разве не расширением пакета EnterpriseData эт делается?
причем расширяться надо прогарммно, в курсе Гончарова по КД3 эт описывается.

(5) речь же о бесшовной интеграции, а не об обмене

(5) это разные вещи, как бы странно это не звучало :)