Сторонняя программа с заданной периодичностью (например, минута) проверяет некоторое условие и если оно выполняется, то вызывает скрипт Msg.vbs, в котором только один оператор Msg c сообщением и кнопкой Ok.
Нужно сделать так, чтобы скрипт проверял не открыто-ли уже окно с сообщением и выводил Msg только, если окна нет.