Задача: Необходимо выгрузить иерархический справочник в JSON соблюдаю иерархию, т.е. с вложениями
Папка 1
  Папка 1-1
      Папка 1-2-1
  Папка 1-2
      Номенклатура 1-2
...

С нашей стороны согласовано. Можете приступать к выполнению.

(0) Показывайте уже ваше решение и какие ошибки вы словили

Несколько способов перепробовал, но так и не удалось получить приемлемый результат (

(3) "Стаж: 6 лет 10 месяцев 10 дней " - Выборку с сортировкой по иерархии сделать сможете? А дальше:
https://v8.1c.ru/platforma/json/
https://it4trade.ru/programming/uroki-po-programmirovaniju-v-1s/1s-8-3-i-json-primery-ispolzovanija.html
и еще 100500+ подобных тем в поиске.

(4) Выборку то сделал и с JSON работал, но что-то пошло не так. Ладно думаю есть смысл покопать самому, стаж увидел)

Можно попробовать следующее, выгрузить иерархию в ТЗ, а потом ТЗ преобразовать в массив структур, их уже запихнуть в json
https://infostart.ru/1c/articles/1197613/

(6) "выбрать * из справочник.номенклатура" и просто сериализация от запрос.выполнить().выгрузить() разве не прокатит ?
туда же и группы должны попасть и пофиг на порядок следования в JSON, не?

(7) На выходе сериализированные (надеюсь правильно написал) объекты