Сейчас использую diffmerge, но она как-то криво объединяет тексты запросов

Дело вкуса. Предпочитаю KDiff3.
Вообще где-то попадалось сравнение, куски кода разные программы анализировали по-своему. На одном образце одна программа лучше себя показывала, на другом - другая.

(1) нужно будет попробовать, спасибо