В процедуре записи документа:

            Если Фирма1 <> Фирма Тогда
                СтатусВозврата(0);
                Возврат;
            КонецЕсли;

В отладчике Фирма1 и Фирма ссылаются на один и тот же элемент справочника, но не равны друг другу. Как так и что можно сделать?

(0) Как определили, что это один и тот же элемент?

(1) Наименование, код, идентификатор совпадают.

Дублей элементов справочника нет.

(0) Возможно, что один из них - ТекущийЭлемент(), то есть ссылка. А второй - собственно объект типа "Документ.", позиционированный на конкретном документе. Внешне в отладчике они выглядят одинаково, но по сути своей разные.

+(4) .ТекущийДокумент(), конечно же. Но со справочниками та же фигня, только там .ТекущийЭлемент()...

(4,5) Аргумент! Спасибо, поправлю.

(4) ТекущийЭлемент() - это вообще-то не ссылка, а как раз объект.
а вот во что он преобразуется - зависит от того, в каком контексте употреблен.
но так имхо диагноз поставлен верно.
вообще в клюшках с этим надо аккуратно.
более правильно может @hodgik рассказать, я мог тут налажать

(7)Вообще то ТекущийЭлемент() - это именно ссылка

Пусть будет ссылка.