Делаю тестовые правила между ЗУП и БП, переношу документ.
Организации в базах уже есть(с разными ид), в каждой базе только одна организация, поэтому делаю просто поиск по инн. В свойствах ПКО Организация указываю поиск по полям поиска, не заменять, не создавать.
Организация в приемнике пустая.
Делаю поиск по пометке на удаление, организации в базах не помеченные.
Организация в приемнике пустая.

В чем причина??

поставь точку останова перед записью и проверь что уже пустая, а не очищается

(0) галку искать по уид не снял похоже.