Используется учет по нескольким организациям
Заказы оформлены на различные организации
Но по регистру накопления "Заказы покупателей" в измерении везде указана предопределенная организация "Управленческая компания"

Это специально так сделано или где-то настраивается?
Просто из-за ограничения доступа на уровне записей происходят расхождения

(0) у заказа в шапке есть организация и сделано специально

(1) Что сделано специально указывать в шапке одну организацию, а писать в регистры другую?

(2) и то и другое

(2) Убери галку в настройках Компании  "Учет по компании в целом" будет по каждой организации отдельно

(4) Да ее нашел уже. Что кардинально после этого поменяется?

(5) ну учет станет по каждой организации отдельно. Доходы/расходы, прибыль/убытки и т.п. по каждой организации отдельно, без суммирования