Добрый день!

Сервер 1С:Предприятие 8.3 (8.3.18.1289) x64, субд MSSQL.

У тонких клиентов (причём на разных базах) при подключении внешних отчетов, обработок или печ. форм стали появляться ошибки вида:

Ошибка подключения внешних метаданных 9db1fa37-b455-4f3f-b8dd-7de0ea7d6da3:
Ошибка при выполнении файловой операции  'e1cib/tempstorage/f75e88bf-77cc-4ac9-b7fe-76bd5cb78955?seanceId=c61ef8ba-f02d-4aa5-8b26-a6a71d32a4c6':
D:\Jenkins\ci_builder2\WindowsBuild2\Platform\src\backend/ExtMetadata.h(1675): d01fdb85-3f36-4fbc-a888-0274919cc82b:
Неверный формат хранилища данных 'e1cib/tempstorage/f75e88bf-77cc-4ac9-b7fe-76bd5cb78955?seanceId=c61ef8ba-f02d-4aa5-8b26-a6a71d32a4c6'"

После перезапуска агента сервера 1С всё становится хорошо примерно на сутки, потом снова появляются.

В чём может быть причина? В какую сторону копать?

ни с того ни с сего ошибки не возникают - что то изменилось. например ос обновили или 1с , или конфу.
ищите.
сначала это "раскопайте".
ну.и раз в 20 часов перезапускайте агент сервера

(1) это не дело перезапускать так часто.
Тем более RPHOSTS и RMNGR ведут себя адекватно.
Сеансовый кэш snccntx... тоже нормально работает.

Ошибки на разных базах появляются, так что конфа не причём.

Остаётся только версию сервера и клиентов 1С обновить, но это на самый крайний случай.

(2) Кэш баз удалял?

(3) да, и сеансовые данные и серверный TEMP

Версии клиентов проверь у юзеров

(5) с разными они не запустятся

Версию 1С меняй