Поднял тот же самый http-сервис на другом порту (прописал виртуальный сервер в апаче на другом порту и прописал там путь на каталог с копией vrd-файла сервиса).
Вроде работает... Теоретически с этим могут быть какие-то проблемы?

(0) Веб-сервер просто передает информацию в 1С, проблем не должно быть.

Ну, мало ли. Я не настоящий сварщик. Дай, думаю, переспрошу :)
Может там какие-то тонкости на границе между 1С и апачем. Кэширование какое-нить или пул соединений...

(2) Если апач запускает виртуальный сервер в другом потоке (аналогично пулу IIS), то у тебя будет два пула соединений. Для обновления базы или монопольного доступа надо будет или грохать оба или сбрасывать соединения изнутри 1с.

(3) Это норм.