Ну допустим, я выгрузил всё расширение в файлы, но там есть куча просто ссылок, без изменения кода или форм.
Как отобрать только то, что меняло расширение?

Можно, в принципе ; в модулях поискать, как вариант

Что-то давно наш гений ничего нам не дарил. Кончился?

Там же кнопка в конфигураторе есть