На стороне баз-дочек сделали командные файлы, которые запускают обмен. Но пользователь не видит прошёл обмен или нет. А он может и не выполнится по разными причинам. Как можно настроить автообмен для неопытного пользователя, чтобы в итоге он получал сообщение о том, выполнился ли обмен или нет?

в скрипте сделать проверку на наличие файлов обмена. анализировать их дату/время.
?

(1)
это подходит только для того случая, когда обмен не выполнился из-за того, что файлы не загружены или загружены не полностью. Но есть ведь и другие причины, по которым не выполняется обмен.

(1)
хотя...., да попробую

смотреть в ЖР записи про обмен и ошибки?

(4)
тоже вариант - попробую

(0) Настраивал чтобы конфигуратор по окончанию не закрывался, и пользователь видит прошел обмен или нет

У меня в таком случае в prm
[General]
Output = log.txt
Output = 1
Quit = 1
AutoExchange = 1

и парсится лог, выполняются различные действия в зависимости от, и логи складируются в архив

УРБД Мастер 1.7.1 - причем достаточно его бесплатного функционала, покупать не надо.