Есть УПП, есть регистр РасчетыПоРеализацииВУсловныхЕдиницахОрганизации.
При формировании проводок сперва анализируется этот регистр и уже потом определяет счет 62.01 или 62.02.

С регистром все хорошо, если сперва идут реализации. Формируется расход, счет 62.01. Далее идут платежки, формируют приход и закрывают счет 62.01. Если платежка больше РТУ, то еще и аванс на оставшуюся часть. Все как надо. Регистр закрывается в 0 или остается запись по авансу от платежки.

Но если распровести РТУ и платежки, и провести сперва платежку, которая сделает движение на всю сумму по 62.02, а потом провести РТУ, тогда ничего не срабатывает. Платежка идет по 62.01, а регистр остается незакрытым.  

Это я логику не понимаю или что-то поломано?

Ой, в последнем абзаце: РТУ идет по 62.01.
А не платежка.

(0) Документы в один день?

Первоисток проблемы - в бухгалтерии перестали корректно закрываться 62 счета. Спасаю обнулением регистра через корректировку записей. Но это мягко сказать костыли.

(2) Да. Сейчас балуюсь со временем проведения.

(4) В УПП есть настройка, что платеж проводится концом дня - независимо от времени документа

(5) кстати да, в регистре запись 23:59:59. Спасибо, поищу настройку

(5) Все заработало. Спасибо большое!