КА  есть одна фейковая организация в базе как в ней одной снять контроль по остаткам организации
пусть будут в минус по организации мне это подходит

есть такое ?

хочу контролировать остатки по всем организациям
кроме одной
как такое сделать ?

доработать

найти методическое решение

вызвать спеца

найти организационное решение

вернутьяс на клюшки. в комплексной и в ТиС - такое есть штатно.

проверку настроек контроля остатков по складу не пытались смотреть? (Не по Организациям целиком, а по конкретным складам)