Как программно из документа конфигурации создать документ расширения?

Так делать не надо (С)
Основная конфигурация знать не знает что за расширения к ней прилепят

Создай процедуру в основной конфигурации
Перехвати ее в расширении и в нем создавай документ расширения.

Вызов функции создания можешь делать в конфигурации.

Ну а такой вопрос, я удалил новый документ и создал его в расширении. Добавил галочку в подсистему, но он не отображается там. Что еще не хватает?

Прав на просмотр этого документа