Приветствую, что то неясность какая то, есть документ в документе есть реквизит шапки, с типом Справочник.Сотрудники, при выборе сотрудника через форму вижу <> а не наименование, в самом справочнике сотрудники все четко, куда копать?)

А у справочника наименование не пустой? Может только отдельный реквизит, типа ПолнНаименование заполнен, а Наименование пустое - ?

(1) Выбираю сотрудника не по наименованию, а по другому реквизиту ФИО, имеет значение?

(1) Действительно, главный реквизит незаполнен, поэтому и выбивает чушь)

(3) Потому что писать надо так, чтобы заполнение прорвеялось на все значимые реквизиты ередзаписью.

Если так уж хочется, что-бы реквизит, видимый пользователю назывался "ФИО", а не "Наименование",  то так и обзовите его на форме. При этом, "внутри" программы, это будет типовой реквизит "Наименование".
Если уже накосячили, и такой справочник, с такими кривыми данными, с пустым "Наименованием" уже есть, напишите обработку, где в цикле сделайте  Спр.Наименование = СокрЛП(Спр.ФИО), и дальше используйте правильный реквизит...

(5) Так и поступил, обработкой ткнул из фио в наименованию по всему справочнику

Спасибо)