В БП 3.0 можно выгружать файлы ЭДО на диск (Ещё->ЭДО->Выгрузить документ в файл) но он вроде выгружается как УПД. А надо как Торг-12 иСчет фактура.

Где можно изменить форматы?

Не совсем понятно где это Еще, но в настройках обмена можно для каждого контрагента задать для всех типов документа свой регламент ЭДО и там указать УПД или еще что.
Или речь не о том?

> Не совсем понятно где это Еще

В документе реализации / счет-фактура

> в настройках обмена можно для каждого контрагента задать для всех типов документа свой регламент ЭДО и там указать УПД или еще что.

https://yadi.sk/i/yATfNzipbbXCBw Здесь? Торг-12 не вижу

(2) "Передача товаров".