Сделали свертку, но почему-то документы с НДС не свернулись.
Можно ли их удалить вручную?

Можно, разрешаю.

(1) Повлияет ли это на остатки номенклатуры и взаиморасчеты по контрагентам?

А не всё ли равно? К тому же это уже второй вопрос.

(3) Суть свертки в данной задаче, удалить данные за прошлые периоды. Получается, что данные остались. Какое есть решение?

(4) При этом нужно сохранить верные цифры по остаткам номенклатуры и взаиморасчетам с контрагентами

(4) Ну, если суть свёртки в этом, то и решение очевидно. "Резать! Резать к чёртовой матери, не дожидаясь перитонита!"©

(0) Что значит "не свернулись"?
Что село в остатки по взаиморасчетам?
ПСЫ С такими вопросами к свертке рановато...

(7) Документы с НДС не пометились на удаление, остались с признаком "проведен"

(8) И что смущает? Может так задумано.

(8) Там (в стандарте) много настроек. Может счет не пометили, может в уч. политике нет НДС...
Вариантов - масса.

В стандартных настройках свёртки указано НДС не сворачивать. А вот почему хз.

(11) Капец...
Вот и эсники докатились - "тыкать по кнопкам"...

(11) Патамушта гладиолус. Кому надо свернуть, свернёт. Это как врачебное, не навреди.

А я вот недавно сворачивал в БП 3 типовой встроенной сверткой и все свернулось.
Документы только остались помечены на удаление, но не удалены. Это есть такое. Свертка помечает, но не удаляет сами объекты/документы.

Фишка в том, что возможно есть некоторые регламентные документы по НДС, в которых использованы документы до даты свертки. Но как я увидел, хотя сами документы и не были физически удалены, но они пометились на удаление.

Это я повторил два раза одно и тоже разными словами, что может ТС уточнит, что там у них насворачивалось, какое состояние получилось.

(15) Изменили настройки свертки, указав свертку по регистрам накопления связанных с НДС. И теперь нормально. Почему-то по умолчанию настройка для этих регистров "не сворачивать"