Есть обработка, которая выполняет определенные действия по расписанию в 1С ут11 , то есть запускается фоновое задание. А что будет если 1С не запущено? выходит дело задание по расписание отработает только тогда, когда запустят 1С? База файловая. Есть идеи решения? думаю на sql что то есть возможно...

На файловой для регламентых нужен запущенный клиент.
Или переходи на серверную, или запускай шедулером отдельного клиента

(1) вообщем я так понимаю на клиент-сервере нет проблем с этим, а тут в файловой как вариант не выходить, например админу, из 1с просто.

(2) Да.