Регламентное задание пересчитывает общие остатки товаров по наименованию на складах и записывает значение в реквизит. При запуске в ручную задание отрабатывает корректно (без ошибок и данные записываются верно), но при запуске по расписанию задание выполняет без ошибок, но данные не пересчитываются. В чем может быть причина?

(0) в жр есть события записи объектов?

Права на изменения есть у пользователя регламентного задания?

Если код самой регламентно запускаемой процедуры не слишком большой, то можно бы на него глянуть.
Бывают, что допускаются некие ошибки, на которые у разработчика "глаз замыливается" и он их не замечает.

Причина в некорректном коде. Делаю ставку на код, который работает корректно только на клиенте, а на сервере - нет.