Есть документы Отчет о розничных продажах, где при наличной продаже формируется проводка Дт 50.01 - Кт 62.Р.

Есть документы Приходный кассовые ордер, они формируются при предоплате, там пишется контрагент "Розничный покупатель" и формируется проводка Дт 50.01 - Кт 62.02.

Мы должны как-то учитывать то, что этот товар будет продан? Ведь продавать мы его будем с Розничного склада, а не Розничному покупателю?

"Мы должны как-то учитывать то, что этот товар будет продан?"
Спроси у продажников

(0)В таком случае вы можете ввести новый вид оплаты. И при розничной продаже выбирать этот вид оплаты, не забыв поменять"розничный покупатель" на конкретного контрагента-физика. И в приходнике тоже выбирайте конкретного покупателя, а то потом замучаетесь со взаиморасчётами.
И ещё один маленький совет. Заведите дополнительный счет 62.П с аналитиками контрагент и договор. И всех подобных персонажей учитывайте на нём.
Я такую методику ещё на бп 2.0 использовал.

(2)+Или другая методика.
Счёт покупателю. Приходник на аванс по счёту. Потом реализация на основании счёта. И приходник на оставшуюся сумму по счёту.