Где-то я видела, что отдельно файл считывается, ставишь галки надо-не надо и после этого создаются документы, злесь я такого не нашла, всё сразу уже в базе.
Вопрос, например, в том, что банк делает по 100 списаний по 25 рублей, хотелось бы одно за день.

Схлопни одинаковые операции после перезагрузки обработкой.

Наверняка, что кто-нибудь на инфостарте уже давно положил нечто подходящее и похожее на обработки, что были для версий на обычных формах написаны уже давно. На обычных формах как раз с галочками сделано.