суть нужно при изменении ФИО или должности или руководителя структурного подразделения передавать новый список сотрудников у которых это изменилось.
как лучше отслеживать? вести регистр на каждый день куда данные по всем сотрудникам записывать. или составлять отчет по всем сотрудникам и записывать данные за текущую дату только по тем у которых данные изменились. или создать регистр в которые будет записываться событие что по такому то сотруднику произошли изменения и его нужно отразить в списке. или кто что подобное реализовывал?

(0) куда передавать то ?

Конфа, то какая?
В ЗУП есть РС ФИОФизическихЛиц периодический

(1) (2) Куда передавать и какая конфа не важно по сути задачи.
Важен список реквизитов которые необходимо отслеживать и вопрос
как их отслеживать?

Зачем вообще что-то запоминать?
Запускаете раз в сутки (час/минуту...) обработку, которая выбирает всех руководителей подразделений. затем смотрит их ФИО, должность, подразделение на текущую дату и на прошлый день. При наличии расхождения отправляешь инфу

(3) да как бы важно. Если в конфе не ведется история ФИО, должностей и подразделений (например, сделано просто на справочнике) - это одно, а если это ЗУП со всей историей - это другое

Если конфигурация версионирует справочники, то я бы не лепил новые регистры, а обработкой сверял бы версии, возможно веркой только двоичных данных.

справочник не меняется
с чем сверять? если изменения делаются не день в день

Если только отслеживать факт записи(изменения) то план обмена слепить, его чистить после передачи.