Может, вопрос и несущественный, но интересный.

Запускаю УПП 1.3 (в принципе, так же, наверное, и в других типовых конфигурациях сделано, в УТ например), захожу в Сервис - Дополнительные внешние отчеты и обработки - Отчеты, создаю новый элемент, попадаю в форму "Регистрация внешнего отчета: Создание *". Далее - выбираю файл с внешней обработкой/отчетом (при этом в контекстной подсказке почему-то пишется "Заменить файл внешней обработки"), и на форме сразу же появляется текст:
"ИсходныйФайл ИмяФайла.erf
размер 56 458 байт; изменен 29.11.2019 19:09:01; сохранен в ИБ 29.11.2019 19:25:13".

И это еще ДО того, как я сохранил элемент в справочнике!

Значит ли это, что даже если я откажусь сохранять элемент, обработка (в виде двоичных данных) все равно останется в базе?

Нет

Файл хранится в реквизите созданного элемента справочника.
Закроешь, не сохраняя - не запишется.