Я видимо откровенно туплю.
Простейший запрос дает остатки:

ВЫБРАТЬ
ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Регистратор,    
ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Номенклатура КАК Номенклатура,
    ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.ВНаличииКонечныйОстаток КАК КоличествоКонечныйОстаток

ИЗ
    РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.ОстаткиИОбороты(, , Регистратор, , ) КАК ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты

А вот этот не дает:
ВЫБРАТЬ
    ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Номенклатура КАК Номенклатура,
    ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.ВНаличииКонечныйОстаток КАК КоличествоКонечныйОстаток

ИЗ
    РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.ОстаткиИОбороты(, , , , ) КАК ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты


ОстаткиИОбороты остатки на каждую периодичность дает?(в данном случае регистртаор).

Видимо. Судя по всему конечный остаток нулевой.

(0) Остатки - это такая вещь. Вчера были, а сегодня уже нет.

(0) ОстаткиИОбороты остатки на каждую периодичность дает?
На каждую где обороты ненулевые. В случае регистратора - на каждую

а что еще было про то, что ОстаткиОбороты дает правильные остатки только при наличие ОстатокНачало, Приход, Расход и ОстатокКонец или ошибаюсь?

А что смущает?
Периодичность регистратор это по сути вывод таблицы регистра, а там кто делает двидения с нулевыми ресурсами - буратино
2ой вариант - это оперативный итог, вот там 0, все так и должно быть

если сделать группировку Период + Регистратор, то выдает правильные остатки..