Есть пользователь. У него есть несколько ролей. Только у одной роли есть права на чтение и просмотр справочника.
В командном интерфейсе подсистемы для этой роли галка выключена. На остальных ролях этого пользователя она не включена и не выключена.
При такой конфигурации пункт из меню не убирается.

Если у пользователя есть только одна роль, для которой пункт выключен, тогда пункт убирается.

Чот я не очень понимаю логику.

понял кажется. вот тут написано https://xn----1-bedvffifm4g.xn--p1ai/articles/подсистемы-настройка-интерфейса/