НовДокумент = Документы.КакойТоДокумент.СоздатьДокумент();
НовДокумент.Заполнить(ДокументОснование);

Мне нужно если документ создается программно, реализовать другую логику заполнения, чем если он создается интерактивно на основании.
Как проще всего это сделать, оставив НовДокумент.Заполнить(ДокументОснование) ?
Там только одной строчкой отличается, лень программно свое заполнение делать.

НовДокумент = Документы.КакойТоДокумент.СоздатьДокумент();
НовДокумент.Заполнить(Новый Структура("ДокументОснование,ТвойПараметр",ДокументОснование,ТвойПараметр));

в ОбработкеЗаполнения в модуле Документы.КакойТоДокумент отловить тип параметра заполнения в начале и дальше по твоему усмотрению

можно в расширении/подписке новую логику разместить

В расширении после

НовДокумент.Заполнить(ДокументОснование);

добавить свою строку кода.