Иными словами не зачитывается аванс на сумму возврата.
Пример:
10.01.2019 продажа по накладной №1
11.01.2019 оплата на сумму накладной №1
12.01.2019 продажа по накладной №2
13.01.2019 Возврат по накладной №1.

В бухгалтерии 3.0.67.63 в таком случае образуется задолженность по счету 62.01 на сумму накладной №2 и аванс по счету 62.02 на сумму возврат по накладной №1. В конфигурации КА 1.1 есть обработка "Восстановление последовательности" которая зачтет такой аванс. В бухгалтерии последовательности не используются. Выставлена настройка: "Расчеты выполняются при проведении документов". После перепроведения документов закрытием месяца так же остается долг и аванс.

Вопрос: как зачесть аванс в бухгалтерии?

а там разве не через 76.2 (расчеты по претензиям) возврат оформляется? А далее уже через корректировку или через возврат средств

ну, если взаиморасчеты идут по явно указываемым документам расчетов - то так и будет...

(2) В бухгалтерии нельзя отключить ведение по документам.

(1) Переходим с КА 1.1, там было восстановление.

Похоже придется алгоритм проведения возврата допиливать. Странно, что в типовом решении этого нет.

(5) ну раз они документ возврата выбросили, и ежу понятно, что допиливать там ничего не будут.