Здравствуйте.
Выгрузил базу из Fresh. Сделал манипуляции с данными, выгрузил файл для загрузки в Fresh. Теперь хочу загрузить обратно в Fresh. Правильно я понимаю, что для этого нужно удалить текущую базу и создать новую и уже в нее загружать данные?

Наверное, можно и в текущую. Если терять нечего)

во фреше чисто технически нельзя загрузить в уже имеющуюся базу
читай инструкцию http://www.online-ufa.ru/content/articles/load-database-1cfresh/
при загрузке создаётся новая база по новому URL
старую базу можно удалить потом, после того как загрузишь и убедишься, что все Ок
все обмены после такой выгрузки/загрузки нужно настраивать заново

(2) Спасибо.