Здравствуйте. Подскажите в зарплате нет возможности настроить начисление % от оклада?

(0) Нет. В составе БП3 расчеты по зарплате позволяют вводить разные начисления только готовыми суммами, а отличие одного вида начисления от другого - это настройки по НДФЛ, взносам и т.п.