В БП зарегистрировался объект для обмена: документ "Поступление на расчетный счет". После синхронизации в обеих базах этот объект не снят с регистрации. Подскажите, пожалуйста, в чем может быть причина. Почему документ не снимается с регистрации после проведенного обмена?

Потому что он должен сниматься с регистрации только после очередного сеанса обмена, и только после его успешной загрузки в приемнике.