Арендуем квартиру у ФизЛица, в 1С Контрагент с видом Физлицо, отражаем документом "поступление товаров и услуг".

Как удержать НДФЛ?

Про способ с использованием договора ГПХ знаю, но он не устраивает расчетчиков, услуги и ЗП ведут разные люди.

ГПХ не надо.

Для отчетности по НДФЛ в блоке ЗУП ввести документ "Корректировка учета по НДФЛ и страховым взносам", зарегистрировать доход физлица и исчисленный и удержанный налог.
В БУ документом "Корректировка долга" сформировать проводку Дт 60 (или 76, что у вас там)  - Кт 68.01. И по регистрам взаиморасчетов с контрагентом норм пройдет.