Каким-то образом зависла блокировка на регистре сведений. При попытке добавить запись в регистр - конфликт блокировок и превышено максимальное время ожидания. Такой код соответственно так же ругается:

    НачатьТранзакцию();
    Блокировка = Новый БлокировкаДанных;
    ЭлементБлокировки = Блокировка.Добавить(ИмяРегистра);
    ЭлементБлокировки.Режим = РежимБлокировкиДанных.Исключительный;    
    Блокировка.Заблокировать();
    ЗафиксироватьТранзакцию();

Все сеансы через консоль администрирования убивал, саму службу 1С перезапускал - таблица все равно держится заблокированной.
В MSSQL менеджере в активити мониторе так же нет процессов заблокированных кем-либо: https://yadi.sk/i/UdrWmHwy3T3MoF

Как такое может быть и как лечить?

почистить сеансовые данные