Когда база была файловая такой проблемы не было как перевели на SQL при выгрузке пишет недостаточно памяти или  места на диске...

часть кода

&НаСервере
Процедура ВыполнитьНаСервере()
        //    Выгрузка данных в Excel
НомерЛиста = 1;
Попытка
      // Загрузка объекта Microsoft Excel
      Сообщить("Выгрузка данных из 1С в Microsoft Excel...");
      Эксель = Новый COMОбъект("Excel.Application");
    Исключение
      Сообщить("Ошибка при запуске Microsoft Excel."
        + Символы.ПС + ОписаниеОшибки(), СтатусСообщения.Внимание);
      Возврат;
    КонецПопытки;
Книга = Эксель.WorkBooks.Add();

//При создании книги автоматически создаются листы (по умолчанию 3). Нам остается только выбрать нужный:
Лист = Книга.WorkSheets(НомерЛиста);

//Или добавить в книгу новый лист:
Лист = Книга.Sheets.Add();
ТП = 12;
...........

Одно решение нашел переписал обработку через обычное приложение

А почему просто не создать ТабличныйДокумент и сохранить его в формате экселя?