Есть две базы (БП и ЗУП), в них изначально идентичный список организаций. При попытке синхронизироваться в каждую из них переносятся соответственно все организации базы-партнера. То есть, по какой-то причине 1с не сопоставляет уже имеющиеся элементы с теми, которые должны быть синхронизированы.
В чем может быть причина?

(0) Коды разные?

(1) Какие?

(1) ИНН, КПП, ОГРН - всё одинаковое

(0) посмотри регистры сведений "Соответствие объектов для обмена" в обеих базах

Короче, разобрался. Там должно в точности совпадать Наименование элемента справочника, в дополнение к ИНН и КПП.

Иногда в подобных случаях помогает обработка из конфигурации Поиск и замена дублей