Клиент просит ограничить продажу почти всех штучных товаров. Чем может обернуться?

Косяками на кассе. Товар есть, а продать нельзя - клиентов это бесить будет.

(1)Это понятно. А технически?

Включить контроль остатков по складам. В администировании.

(0) попробуй декомпозицию процесса продажи - фискальные органы интересует только фиксация продажи кассовым чеком, остатки их не волнуют. Остатки нужны для закупки, ну и для контроля за воровством персонала. Собственнику нужен доход от продажи.
Если в результате пересорта в торговом зале фактический остаток превышает учетный можно не пущать и пытаться свести остатки, а можно товар продавать, просто не двигать его остатки в минус. Такие продажи отдельно фиксировать и использовать для закрытия недостач при инвентаризации.

(2)А РМК разберётся с какого склада списывать?

(0) Деньги за работу возьми вперёд. Клиент хочет геморроя. За геморрой не платят.  
(2) Технически не сложно.
(5) Нет

И еще. По сабжу информации не достаточно.

(6)Если РМК эту ситуацию не отрабатывает, то такой вариант не подходит. Продавцы там и с РМК хорошо косячят.