Добрый день.
Есть результат запроса (выбрал с регистра сведений те записи которые надо удалить) - создаю набор, выгружаю туда результат, читаю, пытаюсь удалить, очищается весь регистр.
В Отборе работает только вид сравнения = поэтому отбор не очень удобно. Как кошерней?

Кошерней пользоваться МенеджерЗаписи и удалять записи в цикле.

(0) Если на набор записей не установить отбор, записывается весь регистр. Смирись с этим.

(0) отбери запросом все что нужно и грузи таблицей

"создаю набор, выгружаю туда результат, читаю" // Зачем читать?

Если удаляемых записей больше, чем оставляемых, то кошернее выбрать все оставляемые, очистить решистр и загрузить туда оставляемые