Подскажите если стандартные настройки или придется "допиливать" ?

Ну если реквизита Склад в табличных частях нет, с высокой долей вероятности надо пилить

(0) вопрос по методологии: работник какого склада будет ответственным за данный документ?

такой функционал есть в КА2/ЕРП

(2) Т.е. в УТ/КА2/ЕРП этот вопрос у методологов не возникает?

(0) только через поступление на главный склад и перемещение на нужные

(4) скорее всего, возник... И они ответили на него! :)

(6) ага-ага, заполняется по статистике последних 5 документов)))

(0) Если нет в стандарте и не хотите пилить: делать 2 прихода (разные номера, одинаковые входящие номера).

Делал внешнюю обработку, в которой делил по складам и создавал несколько поступлений с общим счет-фактурой. Номера входящих документов поставщика дополнял через / числами по количеству складов. Хотя...баловство это, наверное нужно было сделать одно поступление на один склад и создать этой же обработкой несколько перемещений. Давно делал, сейчас сделал бы так))))