Возможно в бух проф завести филиал организации и печатать счет-фактуры по правилам т.е. название организации головной, а КПП чтобы филиала было? И как правильно это сделать?

В принципе уже сам разобрался, что в ПРОФ типа ни как. Но можно установить константу ВестиУчетПоПодразделениям в Истина и тогда у нас появляется возможность указывать в реализациях подразделения, а в подразделениях КПП если они обособленные. На первый взгляд все работает для филиала не на выделенном балансе.