Проблема следующая, пользователи настраивают отборы и состав колонок динамического списка в УФ под себя, а потом ссылаются на то, что "не увидели" нужный документ из-за того что он у них не отображается. Я запретил изменять форму и убрал из состава команд настройку списка, что бы больше никто не мог настраивать интерфейс, теперь необходимо удалить ранее установленные настройки.

Можно получить все пользовательские настройки списка, например
МойСписок.КомпоновщикНастроек.ПользовательскиеНастройки.Элементы
Найти там пользовательские отборы и очистить их.

Есть ли какой-нибудь еще способ? И как установить стандартные настройки самой формы? Что бы отображение колонок списка восстановилось по умолчанию (Изменить форму -> Еще -> Установить стандартные настройки) программно.

хранилища настроек почисти и кэш убей

(0) Создай нового пользователя, у него будут стандартные настройки. Скопируй их всем. Только не помню, можно ли там выбирать для отдельной формы.

(2) можно

на ис полно обработок по редактированию настроек

На случай, если кому то еще понадобится

Очистка настроек формы:    
КлючОбъекта = "Обработка.ВашаОбработка.Форма.ФормаСписка/НастройкиФормы";
ИмяПользователя = ПользователиИнформационнойБазы.ТекущийПользователь().Имя;
ХранилищеСистемныхНастроек.Удалить(КлючОбъекта, Неопределено, ИмяПользователя);
КлючСохраненияПоложенияОкна = Строка(Новый УникальныйИдентификатор);

Очистка пользовательских отборов динамического списка:
ВашСписок.КомпоновщикНастроек.ПользовательскиеНастройки.Элементы[0].Элементы.Очистить();

(0) Так на форме есть у реквизитов реквизит "Использовать всегда" или типо того. Может он вам нужен?