Windows server 2008 x64, Агент 1С Предприятия 8.3 (х86-64).
Агент не запускается в автоматическом режиме после перезапуска сервера.
По рекомендации найденной в сети, был отключен протокол TCP/IPv6, ситуация не изменилась.

Буду признателен за помощь в решении данного вопроса.

А в логах журналов ОС что?
Было похожее. Поставили зависимость службы от службы SQL сервера (позже). Все стало нормально.

Пока искали варианты пользовались батником;)
--------------------------------------------------
@Echo Off
Set ServiceName="1C:Enterprise 8.3 Server Agent (x86-64)"

:: Получаем состояние службы, проверяем запущена ли она
SC queryex %ServiceName%|Find "STATE"|Find "RUNNING">Nul&&(
    rem Пробуем остановить
    Net stop %ServiceName%>nul||(
        rem Если остановить через net stop не вышло, запрашиваем PID
        For /F "tokens=3" %%A In ('SC queryex %ServiceName%^|Find "PID"') Do (
            rem Убиваем процесс вместе с дочерними, используя полученный PID
            TaskKill /F /T /PID %%A>nul
            rem Задержка, чтобы обновился статус службы после убийства процесса
            Ping -n 4 127.0.0.1>nul
        )
        rem На всякий случай
        Net stop %ServiceName% 2>nul
    )
)
rem Если служба не была запущена, или уже убита к тому времени - запускаем её
Net start %ServiceName%
--------------------------------------------------

(1) Спасибо за информацию и код, на выходных буду пробовать.

На счёт SQL, тоже была такая идея, но пока не было времени заниматься.