Иногда не проводится отчет о розничных продажах, потому что в нескольких позициях номенклатуры пишет что недостаточно остатков на складе, но как тогда такой чек расcчитывался и пробивался и что делать? Это ошибка конфигурации или проблемы в учете?

проблемы в учете. Товар на складе не числится, но покупатель принес его на кассу.
В УТ11 к этому может привести, например, неправильно указанный статус в документе "перемещение". Если указан статус "к отгрузке" или "отгружено", то товар не приходуется на склад-получатель.