Как сделать из флешки хранилище сертификатов? Или как заставить 1с читать сертификаты из контейнера на флешке?

1с ничего не читает, это задача криптопровайдера, к которому 1с обращается

Скопировать на флешку контейнер сертификатов,
тот, что у тебя в другом месте - удалить, и привязать открытый ключ к контейнеру на флешке.
Все это делается с помощью крипто про.

(0) именно хранилище никак.
Это будет такое же файловое хранилище, как и на диске, только на флешке.

(3) Если только под "флешкой" ТС не подразумевает криптографический токен.