Заметил такую вещь, что после ограничения прав пользователей, у них падает быстродействие системы примерно в 1,5 - 2 раза, понятно что система перед действием пользователя проверяет доступность прав на каждое действие, но чтобы настолько стало заметна разница в быстродействии это капец. Стоит все на сервере, конфигурация сервака нормальная. Есть ли какой способ все это дело оптимизировать?

Ну если конфигурация типовая, а сервак нормальный - то даже сложно что-то посоветовать.

(1) Конфа немного переделанная, совсем чутка, пара форм, и документов + обмен еще, ну и на этом все)

RLS штука медленная

(0)[о чтобы настолько стало заметна разница в быстродействии это капец.]
капец внедрять RLS, не зная о том, что он будет тормозить

Возможно криво написанные запросы под RLS

(5) а в БСП они такие