Во вкладке "Начисления" указан только результат без учета вычетов.
http://prntscr.com/bv4nra А поле "начисление" пустое, как бы программа не понимает что она начисляет.
Отсюда и вопрос, как и где указать, что документ отпуск должен использовать именно этот тип начисления(в котором уже прописан процент ндфл)
Чтобы обнаруживать ошибки, программист должен иметь ум, которому доставляет удовольствие находить изъяны там, где, казалось, царят красота и совершенство. Фредерик Брукс-младший