Во вкладке "Начисления" указан только результат без учета вычетов.
http://prntscr.com/bv4nra А поле "начисление" пустое, как бы программа не понимает что она начисляет.
Отсюда и вопрос, как и где указать, что документ отпуск должен использовать именно этот тип начисления(в котором уже прописан процент ндфл)
Основная теорема систематики: Новые системы плодят новые проблемы.