(3) Начнем с (2). Сначала булкай во временную таблицу данные, затем уже делай апдейт с основной. Посмотри на индексы основной таблицы - может, добавление индекса позволит ускорить UPDATE. Определись, как апдейтить будет выгоднее (исходя из вводных использования основной таблицы) - большой транзакцией или пачкой поменьше.