Про переход в УПП на ИТС не нашел, только для бухгалтерии. Те позиции что были на остатках на 41 счете в момент переход перестали списываться по регистру партий налогового учета. При этом, все что приходит после даты перехода, списывается вполне благополучно. После анализа кода выяснил, что причина в подмене СчетУчетаНУ налогового плана счетов на аналогичный хозрасчетый. В принципе, можно дату начала учета корректировкой поправить счет остатков в регистре партий НУ. И все списывается по регистру партий НУ.

Вопрос собственно, зачем это сделано так? Спасибо. Код где происходит подмена счета находится в процедуре ЗаполнитьКолонкиРегистраСписанныеТоварыПоТоварамРегл модуля документа РеализацииТоваровИУслуг:
            Если СтруктураШапкиДокумента.ОтражатьВНалоговомУчетеУСН Тогда
                Строка.ОтражатьВНалоговомУчете = Истина;
                Строка.СчетУчетаНУ = СтрокаТЧ.СчетУчетаБУ;
                Строка.ПринятыеСчетУчетаНУ = СтрокаТЧ.ПринятыеСчетУчетаБУ;
            КонецЕсли;