Релиз 3.0.43.75.
Регламентная операция "Закрытие счетов 20, 23, 25, 26" формирует отрицательные постоянные разницы по подразделениям, которые были сделаны буквально в декабре 2015. По остальным, более старым подразделениям, формирует  временные разницы - как и надо. Инвентаризация НЗП присутствует.
Куда копать?

В статьи затрат

(1) Статья затрат та же самая, что и по другим подразделениям, по которым всё нормально.

(1) Ой, вру! Это номенклатурная группа одинаковая. Статей затрат нет ни в том, ни в другом случае.

Ну тогда "сделай" эти подразделения, например, ноябрем. Кстати, что ты под этим подразумеваешь?

По ходу, начинаю понимать. Дело в отсутствии временных разниц изначально на 20 счете по этой аналитике. По ходу. Разбираюсь вот.