Не получается это сделать. В окошке «Публикация на веб-сервере» в списке веб-сервисов только те элементы, которые присутствуют в основной конфигурации. Веб-сервис из расширения в список не попадает. Если установить галочку «Публиковать веб-сервисы расширений по-умолчанию», это ничего не меняет. В vrd-файл IIS ничего не добавляется.
Иллюстрация вышесказанного: http://hkar.ru/GmKs
Что я делаю не так?

Объект должен присутствовать в основной конфигурации. Расширение только замещает его

(1) Это неправда. Можно создавать собственные веб-сервисы.
Здесь об этом сказано в первом же абзаце:
http://v8.1c.ru/o7/201504ext/index.htm

У тебя версия 1С какая?

(3) Самая последняя 8.3.7.1860

Столкнулся с аналогичной ситуацией. Поставлена задача написать веб сервис для работы с базой через SOAP соединение. Обрадовался когда обнаружил что можно не править конфигурацию а создать расширение и написать веб сервис в нем, а затем опубликовать с остальными веб сервисами. Однако красиво на бумаге, на практике веб сервис написанный в расширении не публикуется. Если кто сталкивался с похожей ситуацией, подскажите решение проблемы.

Мало того... Добавил веб сервис в основную конфигурацию, предварительно разрешив ее редактирование. Открываю интерфейс публикации иии.... Ничего, вновь созданный веб сервис отсутствует в списке веб сервисов предназначенных к публикации. Интересно... Создаю пустую конфигурацию, создаю в ней веб сервис, открываю интерфейс публикации, список публикаций чист, как будто я ничего не создавал....

После танцев с бубнами и перезагрузок конфигурации. Новый веб сервис появился в списке.

В общем. Веб сервис расширения публикуется, но в default.vrd его нет, по всей видимости в этот файл попадают лишь те веб сервисы которые пишутся ручками 1С разработчиков. В принципе веб сервисы расширений работают вне зависимости от того заносятся они в default.vrd или нет.

"вы сможете это сделать вручную, указав нужные сервисы в vrd-файле" ;)